| 学院 | 专业名称 |
| 闽台合作项目 | 环境工程(闽台合作项) |
| 食品科学与工程(闽台合作项目) | |
| 机械设计制造及其自动化(闽台合作项目) | |
| 会计学(闽台合作项目) | |
| 公共事业管理(闽台合作项目) | |
| 海外学院 | 风景园林(中加合作班) |
| 生态学(中加合作班) | |
| 园艺(中加合作班) | |
| 农业资源与环境(中加合作班) | |
| 作物科学学院 | 农学 |
| 植物科学与技术 | |
| 种子科学与工程 | |
| 植物保护学院 | 植物保护 |
| 制药工程 | |
| 园艺学院 | 设施农业科学与工程 |
| 园艺 | |
| 林学院 | 林学 |
| 森林保护 | |
| 生态学 | |
| 水土保持与荒漠化防治 | |
| 自然地理与资源环境 | |
| 生命科学学院 | 生物工程 |
| 生物技术 | |
| 生物科学 | |
| 生物科学(生物学基地班) | |
| 生物信息学 | |
| 应用化学 | |
| 艺术学院、园林学院（合署） | 产品设计 |
| 动画 | |
| 环境设计 | |
| 视觉传达设计 | |
| 园林 | |
| 城市规划 | |
| 风景园林 | |
| 动物科学学院 | 动物科学 |
| 动物医学 | |
| 水产养殖学 | |
| 蜂学学院 | 蜂学 |
| 中药资源与开发 | |
| 资源与环境学院 | 环境工程 |
| 农业资源与环境 | |
| 空间信息与数字技术 | |
| 土地资源管理 | |
| 食品科学学院 | 食品科学与工程 |
| 食品卫生与营养学 | |
| 食品质量与安全 | |
| 材料工程学院 | 材料科学与工程 |
| 化学工程与工艺 | |
| 木材科学与工程 | |
| 轻化工程 | |
| 新能源科学与工程 | |
| 计算机与信息学院 | 电子信息工程 |
| 计算机科学与技术 | |
| 软件工程 | |
| 数学与应用数学 | |
| 统计学 | |
| 网络工程 | |
| 机电工程学院 | 车辆工程 |
| 电气工程及其自动化 | |
| 电子科学与技术 | |
| 机械设计制造及其自动化 | |
| 农业机械化及其自动化 | |
| 交通与土木工程学院 | 工程管理 |
| 交通运输类 | |
| 森林工程 | |
| 土木工程 | |
| 物流工程 | |
| 经济学院（海峡乡村建设学院） | 国际经济与贸易 |
| 金融学 | |
| 农村区域发展 | |
| 农林经济管理 | |
| 管理学院（旅游学院） | 人力资源管理 |
| 文化产业管理 | |
| 工商管理 | |
| 会计学 | |
| 旅游管理 | |
| 安溪茶学院 | 茶学 |
| 管理科学 | |
| 会计学 | |
| 商务经济学 | |
| 公共管理学院 | 公共事业管理 |
| 行政管理 | |
| 劳动与社会保障 | |
| 文法学院 | 法学 |
| 广告学 | |
| 英语 | |
| 金山学院（独立学院） | 金山学院(独立学院) |
| 东方学院（独立学院） | 东方学院(独立学院) |